#100 - Pilot (Пилотная серия)

Агента Дану Скалли направляют к агенту Фоксу Малдеру в проект "Секретные материалы", чтобы она помогла скомпрометировать его работу над паранормальными явлениями. Первое дело приводит их к расследованию случаев похищения пришельцами. Билли Майлз, юноша, уже четыре года не приходящий в сознание, заманивает своих одноклассников, включая и Терезу Немман, в лес, где они исчезают в ярком белом свете.

#101 - Deep Throat ( Глубокая глотка)

Малдер и Скалли отправляются на базу ВВС Элленс, чтобы расследовать таинственное дело о военном летчике-испытателе, который исчез после приключившегося с ним странного случая психоза. Занимаясь этим расследованием, Малдер знакомится с таинственным мужчиной, по кличке "Глубокая глотка", который утверждает, что владеет секретной информацией по паранормальным делам, расследуемым Малдером.

#102 - Squeeze (Сжатие)

Один из друзей Скалли по Академии ФБР, работающий теперь в отделе тяжких преступлений, просит ее помочь в расследовании нескольких убийств. Убийства уникально тем, что невозможно понять способ проникновения убийцы в помещения, где они совершались. Малдер быстро понимает, что это дело - часть целой серии дел, записи о которых хранятся в Секретных материалах. Такие убийства уже происходили. С периодичностью в 30 лет. Теперь Малдер расследует нынешние убийства, пытаясь предотвратить возможность нового "цикла".